Viron (OJK), Ruotsin (SHK) ja Suomen (OTKES) turvallisuustutkintaviranomaiset ovat Viron OJK:n pyynnöstä allekirjoittaneet yhteistoiminta-asiakirjan (Memorandum of Understanding), jossa kuvataan matkustaja-alus Estonian alustavan arvioinnin tutkintatoimia sekä kartoitetaan tulevia toimenpiteitä.
Helmikuussa 1995 Viron, Ruotsin ja Suomen hallitukset sopivat matkustaja-alus Estonian hylyn rauhoittamisesta. Aluksen uppoamispaikalla ja sitä ympäröivällä alueella kiellettiin sukeltaminen ja muut toimet, jotka voisivat aiheuttaa häiriötä uhrien hautapaikalla.
Viron, Ruotsin ja Suomen lisäksi joukko maita on allekirjoittanut kansainvälisen hautarauhasopimuksen. Kansainvälinen hautarauhasopimus on huomioitu Viron, Ruotsin ja Suomen kansallisissa lainsäädännöissä eri tavoin.
Lippuvaltio Viron käsissä on päätös siitä, ovatko vedenalaiset tutkintatoimet välttämättömiä. Viro myös ratkaisee sen perusteella mahdollisten tutkintatoimien toteuttamisen.
Turvallisuustutkintaviranomaiset tiedostavat sen, että tämänhetkinen lainsäädäntö ei salli vedenlaisia tutkintatoimia Estonian hylyn lähteisyydessä ja ovat Viron johdolla informoineet maiden hallituksia tämänhetkisten tutkintatoimien tilanteesta ja mahdollisten jatkotoimien tarpeellisuudesta. Kansallisia säännöksiä tulkitaan ja niiden mahdolliset muutokset toteutetaan kansainvälistä oikeutta ja kansainvälisiä sopimuksia kunnioittaen.